膜系统是按连续运行作为设计基准的，但在实际操作时，总会有一定频度的开机和停机。当膜系统停机时，必须用其产水或经过预处理合格的水进行低压冲洗，从膜元件中置换掉高浓度但含阻垢剂的浓水。还应采取措施预防系统内水漏掉而引入空气，因为元件失水干掉的话，可能会产生不可逆的产水通量损失。如果停机小于24小时，则无需采取预防微生物滋生的措施。但停机时间超过上述规定，应采用保护液作系统保存或定时冲洗膜系统。 

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